タートルズの宿敵シュレッダーは、マッドサイエンティストのバクスター・ストックマン博士と、マヌケな子分ビーバップとロックステディの協力で脱獄を果たし、再びＮＹを恐怖に陥れようとする。タートルズたちはＴＶレポーターのエイプリル・オニール、そして新たな仲間、ホッケーマスクをかぶったＮＹ市警のケイシー・ジョーンズらとともに悪事を阻止しようとするが、彼らの前に立ちはだかるのはイノシシとサイのミュータントに変貌したビーバップ＆ロックステディだった！さらには異次元からきた新たな敵、悪の帝王クランゲの世界征服の野望も加わって、戦いの舞台はＮＹからブラジル、そして空中戦へともつれ込む！そんな中、甲羅よりも強い絆で結ばれていたはずのタートルズに分裂の危機が…？！最大のピンチを迎えたタートルズは世界を、そして仲間を救えるのか――？（TMDb）